Après avoir caché le RahXephon, dans un lac tout proche, Ayato s'enfuit avec Hiroko, de Tokyo Jupiter. Il décide de se cacher avec Hiroko dans un hôtel. Ils surviennent à leurs besoins grâce à divers petits boulots. Otogami et Terra sont aussi à la recherche d'Ayato. La ville est soudain attaquée par un Dolem. Ayato jure de protéger Hiroko.