Booth est amené à l'hôpital, blessé par balle grièvement. Deux jours plus tôt, il devait rencontrer un homme qui affirmait que l'affaire du Tueur fantôme cachait un vaste complot au sein du FBI touchant des hommes influents. Mais l'homme est retrouvé mort et l'équipe du Jeffersonian va devoir résoudre l'affaire, mais également retrouver les preuves.