Itachi devient un Nukenin et rejoint l'Akatsuki. Il est accueilli et présenté par Pain et Orochimaru comme ancien ANBU de Konoha et l'homme qui a massacré tout son clan. Itachi fait équipe avec un homme nommé Juzo. Leur premier travail est de répondre à une demande d'assassinat au Pays de l'Eau.