Plusieurs mois se sont écoulés depuis que Lan et Muginami ont quitté la Terre. Maintenant dans sa dernière année de lycée, Madoka passe le plus clair de ses journées à penser à ses amis quand soudainement Lan retourne à Kamogawa City. Lan et Muginami, avec la puissance de leurs mechas, les Vox, tentent de persuader Dizelmine et Villagilio d'arrêter de se battre, afin d'empêcher qu'une apocalypse liée en quelque sorte aux Vox, ne se produise.