Toujours en possession du livre des amis, Natsume continue de voir des yōkai venir vers lui pour lui réclamer leur nom ou pour tenter de lui dérober le précieux item. Pris à parti par un groupe de yōkai particulièrement agressif et n’hésitant pas à l'attaquer au sein même de l'école, Natsume se retrouve kidnappé dans une forêt que le clan Matoba semble vouloir exorciser. Au milieu des deux forces en présence, il essaiera alors de trouver une solution afin de protéger l'esprit de la forêt...